O instituto Oceanográfico da USP conta com duas bases de pesquisa, uma em Ubatuba, Base Norte e a outra em Cananéia, Base Sul do Estado de São Paulo.
Em Ubatuba está localizado na Praia do Lamberto s/nº, na Enseada do Flamengo, a Base chama-se “Clarimundo de Jesus”, e foi construída para dar apoio às atividades práticas educacionais e apoio aos projetos de pesquisas. Conta com uma boa infraestrutura de alojamentos, refeitório, sala de aulas, laboratórios, píer de atracação, estação meteorológica, estação maregráfica, o barco de pesquisa Veliger II e outras embarcações de apoio. As embarcações prestam apoio às atividades acadêmicas e projetos de pesquisa do IOUSP, realizando atividades principalmente na região costeira. 


O Veliger II é um barco de 14 metros, com autonomia de operação de 6 dias, e que comporta até 8 pesquisadores além da tripulação.
Entre as pesquisas realizadas, estão a ênfase na criação de peixes marinhos, estudos sobre a nutrição e o desempenho de seu crescimento, utilizando diferentes ingredientes para a fabricação de ração, visando menor custo e maior sustentabilidade para as fazendas marinhas. São realizadas pesquisas contínuas, como o monitoramento da qualidade da água do mar, da fauna marinha e a coleta de dados meteorológicos e de maré.
Possui também pesquisas pontuais de curta duração, onde o pesquisador fica na base por determinado tempo coletando dados e amostras e posteriormente realizando suas análises em outros locais. A base de Ubatuba é utilizada por pesquisadores das áreas de química, biologia, agronomia, meteorologia, zootecnia e engenharia da USP e outras universidades.

História
O Instituto Oceanográfico da Universidade de São Paulo (IOUSP), é uma instituição pública de ensino superior, fundada em 1946, como Instituto Paulista de Oceanografia (IPO). Na época de fundação, os objetivos de seus idealizadores apontavam para a necessidade de uma instituição que fornecesse bases científicas à pesca e, numa concepção mais ampla, à exploração de recursos disponíveis ao longo do litoral paulista. Em 1951 foi incorporado à USP como Unidade de Pesquisa, assumindo seu nome atual e obtendo maior autonomia no cumprimento de suas funções. Posteriormente, em 1972, foi transformado em Unidade Universitária, passando a oferecer cursos de Pós-graduação em nível de mestrado nas áreas de Oceanografia Biológica e Oceanografia Física em 1973. A Base Norte passou a se chamar Clarimundo de Jesus em 15/09/98, em homenagem a um técnico que teve papel de destaque no Instituto, sendo inclusive membro da primeira expedição do N/Oc Prof. Wladimir Besnard á região Antárctica, durante o projeto PROANTAR.
Áreas de Concentração
O estudo dos processos marinhos integra essas diversas ciências básicas, tanto sob o ponto de vista teórico quanto experimental. O programa de pós-graduação em oceanografia biológica requer o acompanhamento de disciplinas, tais como plâncton, bentos, nécton, ecologia marinha e poluição. O programa de pós-graduação em oceanografia física enfoca o estudo dos processos físicos que ocorrem nos oceanos, tais como correntes, ondas, maré, interação oceano-atmosfera, além de abordar aspectos climáticos associados ao Oceano Atlântico. O programa de pós-graduação em oceanografia química e geológica apresenta disciplinas específicas a cada uma dessas duas áreas, tais como: sedimentação marinha, fisiografia, poluição química, ciclos biogeoquímicos de nutrientes e gases dissolvidos. Tanto na graduação quanto na Pós-Graduação, os temas relacionados à observação dos fenômenos e processos marinhos são desenvolvidos em aulas a bordo dos barcos de pesquisa “Albacora” e “Veliger II”, bem como nas bases costeiras de ensino e pesquisa “João de Paiva Carvalho”, situada em Cananeia, e “Clarimundo de Jesus”, localizada em Ubatuba.
O IO-USP tem assumido diversificada gama de atividades de pesquisa em nível nacional, bem como participado ativamente em programas internacionais. A extensa costa do Brasil inclui ecossistemas tropicais e subtropicais, habitados por flora e fauna diversas. Tendo essa informação como ponto de partida, uma das principais metas do IO-USP é buscar subsídios para compreender o complexo ecossistema marinho, bem como planejar a utilização racional e sustentada de todos os recursos naturais.
Grandes esforços também são dispensados para o entendimento dos padrões de circulação de massas de água e transporte de substâncias e calor no Oceano Atlântico. O impacto das atividades humanas sobre o ecossistema costeiro é considerado um problema mundial, sendo que um dos desafios do instituto é a avaliação e monitoramento desses ecossistemas.